Le navate della Basilica sono arricchite da monumenti solenni e da dipinti e sculture di grande valore.
Attraversato il portale, immediatamente sulla sinistra ammiriamo la Cappella del Crocifisso con il monumento funerario del Senatore Simonetto Dandolo, grande benefattore dei frati, e sotto l' urna il dipinto di San Giovanni Evangelista dell'artista veneziano Angelo Venturini (XVIII secolo).
Il capolavoro della cappella è però l'altare disegnato daBaldassarre Longhena ed eseguito dal fiammingo Giusto Le Court nel 1672.
Due colonne in marmo nero definiscono lo spazio verticale dell'altare, la cui parte centrale è occupata da un crocifisso marmoreo circon- dato da angeli. Si tratta di un'opera notevole, poiché comunica ai fedeli una profonda speranza nel Cristo Risorto che sconfigge la tristezza e l'angoscia.
Dal 1436 la cappella fu officiata dalla Scuola dei Fiorentini e su questo altare era in origine collocata la statua lignea di San Giovanni Battista del Donatello.
Alla base dei gradini merita attenzione una acquasantiera di pregevole fattura con una statuetta di bronzo dell'artista veronese Girolamo Campagna.
Subito dopo la cappella ci troviamo di fronte al monumento del più grande scultore italiano del 18° secolo: Antonio Canova.

Completamente diverso dal mausoleo del Canova è il monumento funebre del Doge Giovanni Pesaro, un enorme complesso che inquadra l'intera porta laterale d'entrata in basilica e rappresenta un esempio classico del barocco veneziano.
Progetto e modello sono di Baldassarre Longhena mentre le gigantesche statue di marmo sono opera di Melchior Barthel di Dresda.
Impressionante è la vista dei quattro giganteschi mori in marmo policromo su piedistalli ornati di festoni, rappresentati nell'atto di sostenere l'intero monumento sulle loro spalle. Guardateli attentamente e ne sarete stupiti: sembrano vivi! Tra le due coppie di mori sono stat i collocati due scheletri in bronzo di Bernardo Falcone, sostenenti drappi di marmo bianco che presentano lunghe iscrizioni scolpite a lettere d'oro .
Il secondo ordine del complesso evidenzia quattro colonne di marmo nero che sostengono un'architrave recante lo stemma del Doge Pesaro. La statua del Doge, seduto in trono, è proprio al centro sotto un ricco baldacchino di marmi rossi che danno la impressione di un drappo di broccato.

Ai lati, tra le colonne si vedono le allegorie della Religione e del Valore a sinistra e di Concordia e Giustizia sulla destra, mentre in primo piano sul cornicione sono disposte altre sei figure allegoriche minori: un genio, tre donne e due mostri.
Caratteristiche le iscrizioni latine a scopo celebrativo: "Visse 70 anni", " Morì nel 1659 " e " Qui venne a nuova vita nell'anno 1669 ".

L' acquasantiera sulla destra del monumento espone una bella statuetta della Vergine Immacolata del , 17° secolo portata dall'eremo di Monte Rua sui Colli Euganei.
Entro un altare di purissime linee rinascimentali, opera dei fratelli Lombardo, risalta in tutto il suo splendore la Madonna di Ca' Pesaro, altro capolavoro di Tiziano e una delle pietre miliari della pitturaveneziana.