L'opera più preziosa e notevole esposta nella sacrestia è il Trittico di Bellini, capolavoro immortale d'arte e di pietà creato dall'artista nel 1488. Essendo collocato sull'altare, non appena rivolgerete lo sguardo verso l'abside rimarrete immediatamente incantati alla vista di questo dipinto, che fu commissionato dalla famiglia Pesaro ad ornamento della loro cappella personale.
La parte centrale del trittico è dedicata alla Vergine seduta sul trono col Bambin Gesù.
La prospettiva è talmente perfetta che la Vergine sembra staccarsi dal fondo ed assumere le proporzioni di una scultura più che di un ritratto. Oggi diremmo che pare un'immagine tridimensionale. Il suo sguardo
è di una dolcezza incomparabile, tanto che l'opera è stata giustamente definita come "la più dolce mai fatta per gli altari" (Fogolari), rivelante una maternità devota e pudica che sostiene il figlio benedicente in un'atmosfera di religiosa serenità.
Ai piedi della Vergine si vedono due vivaci angioletti che paiono anche loro uscire dal dipinto: uno suona il flauto e l'altro il liuto. Sul catino dorato della cupola, che illumina la figura della Vergine, Bellini stesso incise un'epigrafe in latino con la sua preghiera personale alla Madonna ( " Sicura porta del cielo, luce della mente, guida della vita, a Te affido ogni mia azione" ).Il trittico è completato dai ritratti dei santi delle due tavole laterali: a sinistra S. Nicola di Bari e S. Pietro; a destra S. Marco e S. Benedetto, solenne e ieratico nel suo lungo manto nero ma dallo sguardo vivo ed intenso rivolto allo spettatore.
La cornice che racchiude il trittico è un opera di eccellente fattura e bellezza, intagliata da Jacopo da Faenza su disegno dello stesso Bellini.