All' estremità del transetto destro una porta conduce alla sacrestia, che assunse la sua forma attuale, spaziosa e gentile, con la costruzione dell'abside terminale nel 1478.
Alla sinistra del porta di ingresso c' è un tabernacolo reliquiario i finissima fattura in cui era custodito il Preziosissimo Sangue, con ai lati due notevoli statuette di San Francesco e San Giovanni Battista, opera di BartolomeoBellano ( 15° secolo ).
Sulla destra del cancello di ferro attraverso cui si accede alla sala del Capitolo si può vedere un orologio incastonato in una meravigliosa cornice intagliata da Francesco Pianta il Giovane ( 17° secolo ). L'opera è stata realizzata con un unico pezzo di legno di ciliegio e rappresenta le allegorie del tempo.
Alla destra dell' orologio potete ammirare una tela molto espressiva di Nicolò Frangipane, discepolo di Tiziano, raffigurante la Deposizione di Cristo dalla croce tra le braccia di Maria(1593).
La scena è dominata dalla figura pia della Madonna , il cui dolore viene reso in maniera tanto perfetta nelle lacrime dignitose e nell 'intensa espressione del viso, da muovere a compassione chiunque alla sola vista.
La visione angosciante di una madre che sopravvive al proprio figlio è senza dubbio un forte messaggio per tutti coloro che possono e vogliono opporsi a tutte le crudeltà umane.
Da notare anche due dipinti della Scuola di Bonifacio De Pitati raffiguranti la visita della Regina di Saba a Salomone, con sfondo su Venezia, e l'Adorazione dei Magi.
Colori e paesaggi sono particolarmente belli e curati.